Действие разворачивается через 5 лет после событий сериала Бен 10. Бен смог снять с руки Омнитрикс и смог вести жизнь обычного школьника, а Гвен смогла управлять своими магическими силами без произношения заклинаний. Дедушка Макс исчез непонятно куда, и Бен с Гвен решили отправиться на его поиски. Перед этим на них нападает санитар космоса, который принял их за воришек Омнитрикса. Он объединяется с ними, а скоро они обнаруживают Кевина Левина - своего старого врага, которого Бен когда-то запер в космической тюрьме. Бен решает превратится, но Омнитрикс никак не включится. Но когда Бен отошёл в сторонку, он меняется, и все старые супергерои заменяются на совершенно новых, а сам по себе Омнитрикс становится больше похож на простые часы. Супергерои теперь во время выбора проявляются на голографической картинке. Кевин получил в тюрьме способность поглощать свойства веществ, к которым прикасается, поэтому схватка затянулась. Однако затем Кевин помогает Бену добраться до пришельцев, похитивших Дедушку Макса.

После уничтожения корабля пришельцев, пытавшихся разрушить город, Бен, Гвен, и Кевин (у которого появился автомобиль Шевроле Камаро 1969) объединяются. Бен получает возможность возобновить дружбу с Кевином, а между Гвен и Кевином возникает некое подобие романа. Однако Кевин в этом никому не признается, хотя Гвен он открыто защищает.

Некоторые детали сериала не соответствуют данным серий "Бен 10 000" и "Кен 10" оригинального сериала.

Пришельцы:

• 1. Эхо — существо белого цвета с не большим ростом. Извергает изо рта ультразвуковые волны и умеет создавать бесчисленное количество двойников. Немного похож на Гуманоида и Близнецов.
• 2. Мудрый краб — Похож на краба, умеет поражать своих противников молниями которые вылетают у него из мозга. Благодаря огромному объёму мозга очень умён и разговаривает с использованием научных терминов.
• 3. Гумонгозавр — существо похожее на динозавра. Очень силен, может поднимать огромные тяжести, имеет способность становится в 10 раз больше и сильнее.
• 4. Крылатый — похож на бабочку. Умеет очень быстро летать, проходить сквозь предметы, а так же замoраживать разнообразные объекты дыханием. На земле его крылья складываются и он выглядит одетым в плащ с капюшоном.
• 5. Кристал — состоит из камня. Умеет собирать энергию, после чего использовать ее против врагов.
• 6. Обезьяна-паук — четырёхглазая обезьянка синего цвета. Обладает шестью лапами, очень ловок, может липнуть к стенам и стрелять паутиной из хвоста. По способностям похож на Человека-паука(причём в одной из серий Бен сам себя с ним сравнил). В этой форме Бен ведёт себя очень непосредственно, "по-обезьяньи"
• 7. Пришелец Х — странный гуманоид, похожий на звёздное небо. Бен в него трансформируется только в самых крайних ситуациях, так как не знает все его способности до конца.
• 8. Пламеный — вонючий гуманоид, похожий одновременно на Лозу и Человека-огня из первой стадии Омнетрикса. Может стрелять огнем на дальние расстояния, а так же имеет свойства растения.
• 9. Лучистый — монстроподобная белка-летяга. Умеет летать и очень быстро передвигаться. Также стреляет лазерами
• 10. Желе — существо, похожее на желе. Всегда жидкий, телесное состояние поддерживает с помощью летающего спутника. Способности напоминают силы Плазмы ( пришелец из мультсериала "Бен 10")